Rébellion

Même si Manco Capac est d’abord un souverain fantoche nommé par les Espagnols, qui entendent ainsi garder le contrôle sur l’empire, les humiliations subies par l’empereur et ses sujets éveillent chez eux un sentiment de révolte. Pour lutter contre les envahisseurs, Manco organise donc, en 1536, le siège de Cuzco, qui implique 50 000 guerriers Incas.

Malheureusement, un manque de préparation oblige les Incas à rompre le siège de la capitale au bout de huit mois.

Nouvelle cour

Après avoir été capturé puis libéré en échange d’une rançon, Manco Capac dissout son armée et se réfugie dans les profondeurs de la jungle pour rétablir les rites Incas et une nouvelle cour. Il initie d’une certaine manière la résistante Inca qui durera jusqu'à la capture et l’assassinat de Tupac Amaru en 1572.

Assassiné par un conquistador

Retiré à Vilcabamba au cœur de la jungle, Manco est victime comme son demi-frère Atahualpa de la traîtrise espagnole. Le fils de Diego de Almagro se fait passer pour un ennemi des Espagnols et demande refuge auprès de l’empereur, qui l’accueille avec ses hommes. Le Diego de Almagro le jeune assassine Manco à la première occasion au cours de l’année 1545.